โรงเรียนบ้านแหลมทราย เดิมชื่อโรงเรียนบ้านแอแก็ง เป็นโรงเรียนในศูนย์เครือข่ายลุ่มน้ำสายบุรี โดยในระยะแรกนั้นราษฎรได้ร่วมกันเสียสละทรัพย์และที่ดินสร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้นเพื่อเป็นที่เล่าเรียนของบุตรหลานในชุมชน    เมื่อ  พ.ศ.  ๒๕๐๖  มีเนื้อที่ ๑ ไร่ ๒ งาน เป็นเงิน ๖,๐๐๐ บาท โดยระยะทางระหว่างสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษายะลา  เขต  ๑  ประมาณ  ๕๒  กิโลเมตร โดยมีนายอุสมาน เจ๊ะนิ  เป็นครูที่มาทำการสอนเป็นคนแรก  

   ในปี  พ.ศ. ๒๕๑๒   นายดำรงฤทธิ์  แสงทอง ได้เสนอเปลี่ยนชื่อโรงเรียน เป็น โรงเรียนบ้านแหลมทราย